三年鳖又是珍贵的药材，其成分含动物胶、角蛋白、维生素D及碘等，具有滋阴清热、平肝益肾、破结软坚及消淤功能。鳖甲、头、肉、血、胆等都可入药。据《本草纲目》记载：鳖肉可治久痢、虚劳、脚气等病；鳖甲主治骨蒸劳热、阴虚风动、肝脾肿大和肝硬化等；鳖血外敷可治颜面神经麻痹、小儿疳积潮热，兑酒可治妇女血痨；鳖卵能治久泻久痢；鳖胆汁有治痔瘘等功效。鳖头干制入药称“鳖首”，可治脱肛、漏疮等。用活鳖、鳖甲或鳖甲胶做原料配制的中成药有二龙膏、乌鸡白凤丸、化症回生丹、史国公酒、鳖甲煎丸等。主要运用在餐饮行业，食用药用皆可。